25 lipca tego samego roku ukazał się drugi album studyjny zespołu pt. Destroy Erase Improve. Został nagrany w Soundfront Studios w Uppsali. W tym samym roku z zespołu odszedł Peter Nordin, którego nieoficjalnie zastąpił Gustaf Hielm. Rok później został wydany split album zatytułowany Hypocrisy / Meshuggah. 19 sierpnia 1997 roku pojawił się na rynku czwarty minialbum pt. The True Human Design, który zawierał nowy utwór pt. „Sane”, jeden utwór koncertowy, a także alternatywne wersje „Future Breed Machine”. W międzyczasie ukazał się debiutancki album Thordendala pt. Sol Niger Within.
1998–2002 W 1998 roku ukazała się pierwsza kompilacja nagrań Meshuggah zatytułowana Contradictions Collapse & None. Wkrótce potem Gustaf Hielm stał się oficjalnym członkiem zespołu. 10 listopada tego samego roku został wydany trzeci album studyjny pt. Chaosphere, który został nagrany w studiu Dug-Out w Uppsali, we współpracy z Danielem Bergtrandem. Marten Hagström o albumie Chaosphere: