Na początku 1999 roku zespół dołączył jako support do trasy koncertowej Slayera po Stanach Zjednoczonych. W lipcu 2001 roku z niewyjaśnionych przyczyn odszedł Gustaf Hielm. 20 sierpnia tego samego roku ukazała się druga kompilacja zespołu pt. Rare Trax, która obejmowała m.in. utwory: „War”, „Cadaverous Mastication”, „Sovereigns Morbidity”, „Debt Of Nature”, nagrania demo oraz zawartość pierwszego wydawnictwa Meshuggah pt. Psykisk testbild. We wrześniu Meshuggah wystąpił w Stanach Zjednoczonych jako support podczas trasy koncertowej Tool.
16 września 2002 roku ukazał się czwarty album grupy pt. Nothing, który został zarejestrowany w studiu Dug-Out, Area 51 i Fear and Loathing w La Spånga. Był to również pierwszy album wydany przez Nuclear Blast, który trafił na listę Billboardu 200. Nothing w dniu premiery uplasował się na 165. miejscu. Następnie album był promowany podczas trasy koncertowej w Stanach Zjednoczonych, podczas której zespół występował ponownie jako akt supportujący grupę Tool.