Poświęcenie cerkwi było połączone z uroczystą procesją pracującego w Warszawie kleru prawosławnego, jaka wyruszyła przy dźwiękach dzwonów o dziewiątej rano z soboru Trójcy Świętej przy ulicy Długiej. Pochód przywitał biskup Joanicjusz, który około dziesiątej rozpoczął uroczystość, a następnie odprawił Świętą Liturgię i nabożeństwo dziękczynneP. Paszkiewicz, Pod berłem Romanowów, s. 85..
Funkcjonowanie cerkwi do I wojny światowej Cerkiew św. Marii Magdaleny do końca I wojny światowej pełniła jedynie funkcje cerkwi parafialnej. Mimo to, jej budowę, a następnie utrzymanie, władze rosyjskie traktowały niezwykle prestiżowo, ze względu na lokalizację obiektu. Świątynia górowała nad niską okoliczną zabudową i była widoczna z daleka. Chołmsko-Warszawskij Jeparchial'nyj Wiestnik, oficjalny organ prasowy eparchii chełmsko-warszawskiej, pisał w 1895: