W związku z tym szczególnym znaczeniem cerkwi już w 1895 przystąpiono do jej generalnego remontu, o który prosił arcybiskup Flawian (Horodecki) w liście do oberprokuratora Świętego Synodu Konstantego Pobiedonoscewa. Twierdził on, że cerkiew jest w złym stanie technicznym i może sprawiać niekorzystne wrażenie w porównaniu z położonym w niedalekiej odległości rzymskokatolickim kościołem św. Michała i św. Floriana, będącym jeszcze w budowie. Arcybiskup wskazywał również na fakt, że cerkiew budziła często żywe zainteresowanie zagranicznych gości WarszawyP. Paszkiewicz, Pod berłem Romanowów, s. 91.. Remontem kierował Władimir Pokrowski, pełniący funkcję głównego architekta eparchii. Dokonał on wzmocnienia obicia obluzowanych partii tynku, oczyszczenia ścian z dymu świec i poprawy stanu pozłoty kopuł i ikonostasu. Po ukończeniu prac, 8 września 1895, obiekt został ponownie konsekrowany.