Okres międzywojenny i II wojna światowa mały|Zniszczone dzwony soboru ustawione po lewej stronie głównego wejścia W 1921 cerkiew św. Marii Magdaleny została przemianowana na sobór metropolitalny, stając się po uzyskaniu autokefalii przez Polski Autokefaliczny Kościół Prawosławny jego najważniejszą świątyniąH. Sienkiewicz, Cerkwie w krainie kościołów, s. 174.. To w soborze ogłoszono decyzję o uznaniu Kościoła w Polsce za autokefaliczny Kościół prawosławny, zawartą w tomosie patriarchy konstantynopolitańskiego. Miało to miejsce 17 września 1925K. Urban, Kościół prawosławny w Polsce 1945–1970, s. 43.. Decyzja o podniesieniu cerkwi św. Marii Magdaleny do rangi soboru była związana z postępami akcji rewindykacji cerkwi prawosławnych – w stolicy Polski pozostały tylko dwie cerkwie prawosławne. Inne zwrócono przedrozbiorowym właścicielom (dotyczyło to zarekwirowanych przez carat świątyń katolickich), przekazano innym wyznaniom lub zburzono.

Plany rozbiórki istniały również w odniesieniu do soboru;