W październiku 1991 roku arcybiskup Paderborn Johannes Joachim Degenhardt odebrał mu pozwolenie nauczania teologii katolickiej, a w styczniu 1992 pozbawiony został pozwolenia na wygłaszanie kazań. W marcu 1992 roku został ukarany suspensą za głoszenie odbiegających od doktryny katolickiej poglądów w dziedzinie teologii moralnej i egzegezy.
20 czerwca 2005 roku, w 65. urodziny, Drewermann wystąpił z Kościoła katolickiego. Fakt ten ujawnił w grudniu tego roku w wywiadzie telewizyjnym. Od 13 grudnia 2005 roku wykłada na uniwersytecie w Paderborn, pracuje jako pisarz, mówca i duszpasterz.
Poglądy Eugen Drewermann pod wpływem psychologii analitycznej Carla Gustava Junga i psychoanalizy Sigmunda Freuda interpretuje teksty biblijne przede wszystkim w perspektywie psychologii głębi. Na ten temat napisał książkę pt. Tiefenpsychologie und Exegese (1988). W późniejszych latach przeniósł punkt ciężkości swej interpretacji tekstów biblijnych na Freuda.