Neguje cud jako ingerencję Boga w naturę, a w sprawie poczęcia Jezusa Chrystusa, jednoznacznie stwierdza, Jezus został poczęty i zrodzony jak każdy człowiek. Podważa sens istnienia kleru i celibatu, argumentując, Jezus nie ustanowił kapłaństwa, a już na pewno kapłaństwa z celibatem. W książce pt. Kler. Psychogram ideału (1989) dał wyraz poglądowi, że celibat szkodzi zdrowiu księży katolickich, sprawiając, iż padają oni ofiarą nerwicy – wielu jego współbraci odebrało to jako „kalanie własnego gniazda”. Korzystając ze swego doświadczenia psychoanalityka, Drewermann postawił Kościołowi klerykalnemu poważną diagnozę i zauważył, że albo nastąpi jego gruntowna reforma, albo instytucja ta straci prawo bytu w świecie współczesnym. Opowiadał się za ujawnieniem wszelkich patologii wewnętrznych, wzywał do otwartej dyskusji, porzucenia obłudy i przymusu. Twierdził, że uleczyć go może tylko światło świadomości, samokrytyka.