Zapewne już lud reprezentujący kulturę puchowską wzniósł na szczycie trawertynowej kopy pierwszy gród, który później zajęły i rozbudowały ludy słowiańskie.
Prawdopodobnie około połowy IX wieku z niewielkiej osady-strażnicy rozwinęło się znaczące siedlisko władzy administracyjno-wojskowej w rejonie górnonitrzańskim, wokół którego zaczęły się koncentrować przejawy życia produkcyjnego, handlowego i kościelnego. Pierwsza pisemna wzmianka o miejscowości pochodzi z 1113 roku i dotyczy osady zlokalizowanej poniżej zamku bojnickiego. Podstawowe prawa miejskie uzyskały Bojnice w 1366 roku od króla Ludwika I, jednak pozostały dalej zależne od właścicieli bojnickiego „państwa” feudalnego. Rozwojowi miasta pomogły nadane mu później dodatkowe przywileje, jak prawo do utrzymywania jatki mięsnej, młyna, łaźni miejskiej a później i przywilej organizowania dorocznych jarmarków. Przywileje uzyskane przez miasto w ciągu wieków XIV–XVIII ograniczali jednak często właściciele państwa bojnickiego: w zależności od ich łaski miasto to podupadało, to ponownie odżywało.