Fabuła Większość misji to retrospekcje wcześniejszych zdarzeń, lecz nie ma w grze retrospekcji misji, jak w przypadku Hitman: Kontrakty. Agent 47 dostaje także zupełnie nowe misje – nieznana organizacja terrorystyczna zabija ludzi pracujących dla ICA. Hitman musi znaleźć ich i powstrzymać. W tym celu wyrusza do Ameryki. Przed każdą z misji pojawia się wstawka filmowa w domu Alexandra Lelanda Cayne’a, szefa tejże organizacji, zwanej Koncesją. Próbował przeprowadzić na Agenta 47 wiele zamachów, lecz w żadnym przypadku mu się nie udało. Wpadł na inny pomysł – złożenie fałszywych zeznań dla Ricka Hendersona, w których jednocześnie chce pokazać Amerykanom klonowanie (na przykładzie 47) ze złej strony, aby zostało ono zabronione, a wtedy jego agencja mogłaby produkować je w masowych ilościach (odbywają się wówczas wybory prezydenckie). Pod koniec gry Agencja z powodu braku agentów zostaje zamknięta, a ostatnie zlecenie dostaje od agenta Smitha. W epilogu grupa antyterrorystyczna otoczyła kryjówkę Hitmana (gdyż Cayne dał dowody na śmierć Hitmana). Diana Burnwood pozoruje śmierć Agenta 47, podając mu eksperymentalne „serum śmierci” (gracz mógł je wykorzystać w misji Flatline (Linia życia), by upozorować śmierć Smitha).