Cechuje się dużą zmiennością morfologiczną, ale nie przekłada się ona na zróżnicowanie taksonomiczne. Część dawniej wyróżnianych taksonów wewnątrzgatunkowych ma współcześnie rangę osobnych gatunków (np. widłak jednokłosowy Lycopodium lagopus był opisywany jako odmiana L. clavatum var. lagopus) lub nawet odrębnych rodzajów (np. L. clavatum var. natalense to Austrolycopodium aberdaricum). Liczne dawniej opisywane formy i odmiany współcześnie traktowane są za synonimy jednego z dwóch podgatunków.
W obrębie gatunku rangę taksonomiczną mają dwa podgatunki: nominatywny L. clavatum subsp. clavatum – występujący w całym zasięgu gatunku z wyjątkiem zachodniej części Ameryki Południowej; L. clavatum subsp. contiguum (Klotzsch) B.Øllg. – występujący w górach od Kostaryki po Wenezuelę i Boliwię, gdzie rośnie od 2600 do 3800 m n.p.m. Wyróżnia się niemal równoległymi odgałęzieniami pędów wzniesionych, często rozwidlającymi się kłosami zarodnionośnymi i krótkimi szypułkami.