Podczas II wojny światowej do Waddesdon Manor przywożono ewakuowane z Londynu dzieci, które miały poniżej pięciu lat.
Gdy James Rothschild zmarł 1958 r., założenie pałacowe zostało przekazane zgodnie z zapisem jego testamentu organizacji National Trust, do której obecnie należy.
Obecnie dworem zajmuje się Jacob Rothschild, czwarty baron Rotschild, który uzyskał od National Trust specjalne pozwolenie, aby samodzielnie prowadzić konserwację i renowację Waddesdon Manor, w odróżnieniu od innych rezydencji należących do organizacji, które podlegają jednemu programowi renowacji wszystkich zabytków należących do National Trust.
W 2003 roku w Waddesdon Manor miała miejsce poważna kradzież, zrabowano ponad sto szkatułek, tabakier i innych cennych rękodzieł, pośród których znajdowały się m.in. przedmioty należące do Marii Antoniny czy Madame de Pompadour.