Po 1989 bank stracił uprzywilejowaną pozycję w handlu zagranicznym i zaczął przekształcać się stopniowo w bank handlowy. mały|Placówka banku w Poznaniu (1991) W okresie przemian ustrojowych bank odegrał istotną rolę w skandalu Funduszu Obsługi Zadłużenia Zagranicznego. Znaczna część operacji walutowych FOZZ prowadzona była właśnie za pośrednictwem Banku Handlowego. Podczas kontroli przeprowadzonej w banku przez NIK w latach 1991–1992 stwierdzono liczne nieprawidłowości ujawnione w protokole pokontrolnym Działalność dewizowa Banku Handlowego, którego autorem była inspektor Halina Ładomirska. W raporcie wykazano, że w okresie kontroli bank prowadził działalność dewizową na szkodę polskiej gospodarki i oszacowano straty w ciągu tych dwóch lat na 5–10 mld dolarów.thumb|Centrala Citi Handlowy Bank Handlowy w Warszawie S.A. w Pałacu Jabłonowskich w Warszawie mały|Siedziba banku w Katowicach projektu Andrzeja Kapuścika (2006) W 1997 rozpoczęto proces prywatyzacji banku. Wówczas rząd nie wybrał dla banku strategicznego akcjonariusza. Bank Handlowy planował połączenie z BRE Bankiem, jednak do tej fuzji nie doszło, została ona zablokowana przez PZU, więc rozpoczęto prywatyzację według koncepcji akcjonariatu rozproszonego. Trwała ona do 2000 roku, kiedy nastąpił zakup banku przez globalną grupę kapitałową Citigroup.