Odbył się on w dwóch wezwaniach znaczącej większości akcji Banku oraz zgoda Komisji Nadzoru Bankowego na przekroczenie przez podmioty wchodzące w skład Citigroup 75% kapitału akcyjnego Banku.
W 2001 miała miejsce fuzja Banku Handlowego w Warszawie S.A. oraz Citibank (Poland) SA. Oznaczała też ona likwidację detalicznej marki Handlobank, a dwa lata później wprowadzono markę handlową Citibank Handlowy. W 2007 roku nastąpiła kolejna zmiana marki handlowej, na Citi Handlowy.
Po połączeniu z Citibank (Poland) bank przeniósł siedzibę centrali do Pałacu Jabłonowskich w Warszawie, odbudowanej przez amerykański bank wspólnie z Bankiem Rozwoju Eksportu (dziś mBank)KRS Budowa Centrum Plac Teatralny Numer KRS: 0000134616.
W 2025 bank ogłosił zawarcie wstępnej umowy sprzedaży bankowości detalicznej na rzecz VeloBanku.
Akcjonariat Od czerwca 1997 Bank Handlowy jest spółką notowaną na warszawskiej Giełdzie Papierów Wartościowych, od kwietnia 2011 do marca 2014 wchodził w skład WIG20. Aktualnie największym akcjonariuszem jest Citibank Overseas Investment Corporation (COIC) (od 14 sierpnia 2007 75% akcji oraz 75% głosów na WZABank Handlowy w Warszawie S.A.