Wpływa do niego woda z głębi jaskini. Dalej idąc pod prąd korytarzem w licznych miejscach zalanym po strop (syfony), dochodzi się do rozgałęzienia, skąd prowadzi boczny, suchy korytarz z zaciskami. Po ponad 35 metrach staje się zbyt ciasny do przejścia. Główny ciąg natomiast kończy się w wodzieJ. Grodzicki (red.). Jaskinie Tatrzańskiego Parku Narodowego. Jaskinie zachodniego zbocza doliny Kościeliskiej. Warszawa: Polskie Towarzystwo Przyjaciół Nauk o Ziemi, 1993..
Przyroda Jaskinia Wodna pod Raptawicką jest czynną do dzisiaj podziemną odnogą Kościeliskiego Potoku. Ok. 200 m powyżej woda z potoku wpływa do podziemnych szczelin, tak że czasami potok całkowicie zanika (tzw. ponor), a następnie wypływa w tej właśnie jaskini oraz w Jaskini Wodnej pod Pisaną. Przez większą część roku wszystkie ciągi z wyjątkiem okolic nieczynnego głównego otworu są niemal całkowicie wypełnione wodą. Wypływ i źródła spod Raptawickiej Turni są zasilane przez kilka ponorów w dnie Doliny Kościeliskiej, ale także przez wody pochodzące z krążenia krasowego, zapewne z obszaru Kominiarskiego Wierchu.
Historia odkryć Jaskinia jest bardzo trudna do zbadania, gdyż przez większą część roku jest w niej wysoki poziom wody.