Najlepszym sezonem w karierze Nováka okazał się rok 2002, kiedy nie wygrał wprawdzie żadnego turnieju, ale osiągnął finały halowych imprez w Madrycie i Wiedniu (finał w Madrycie oddał walkowerem Andre Agassiemu) oraz 6 półfinałów, w tym wielkoszlemowy na Australian Open (przegrał z późniejszym zwycięzcą Thomasem Johanssonem). Dzięki tym rezultatom jako 5. zawodnik świata awansował do turnieju Tennis Masters Cup w Szanghaju, w którym start zakończył na etapie pojedynków grupowych, pokonując Andre Agassiego, a przegrywając z Rogerem Federerem i Juanem Carlosem Ferrero.
W 2003 wygrał 1 turniej – pokonał w finale w Gstaad Rogera Federera, który tydzień wcześniej po raz pierwszy triumfował na Wimbledonie.
Ostatnie singlowe zwycięstwa odniósł jesienią 2004 roku – w Tokio pokonał Taylora Denta, a w Bazylei Davida Nalbandiana. W 2005 roku był w finale w Delray Beach, przegrywając z Xavierem Malisse.