Jako deblista lipcu 2001 roku znajdował się na 6. miejscu rankingu gry podwójnej. Największe sukcesy odniósł partnerując Davidowi Riklowi. Para Novák–Rikl zakończyła sezon 2000 jako piąta, a 2001 jako trzecia para na świecie, ale z powodu kontuzji jednego z partnerów nie mogła w tych latach wystąpić w turnieju Tenni Masters Cup. Start w Masters Czesi zaliczyli w 1999 roku jako rezerwowi, przegrywając w swoim jedynym spotkaniu z Toddem Woodbridge i Markiem Woodforde. Novák dwukrotnie wystąpił w deblowych finałach wielkoszlemowych. W 2001 roku przegrał z Riklem na Wimbledonie z Donaldem Johnsonem i Jaredem Palmerem, a rok później z Radkiem Štěpánkiem na US Open uległ Maheshowi Bhupathiemu i Maksowi Mirnemu. Łącznie Novák triumfował w 18 deblowych turniejach ATP World Tour oraz 22 razy uczestniczył w finale.
Jako reprezentant Czech w Pucharze Davisa debiutował w 1996 roku w meczu z Węgrami. W ramach tych rozgrywek pokonał m.in. Jewgienija Kafielnikowa, Tima Henmana, Pete’a Samprasa, Nicolasa Escudé, Sébastiena Grosjeana, Nikołaja Dawydienkę, Rafaela Nadala. Skutecznie grał także jako deblista. Łączny bilans jego występów to 27 zwycięstw i 7 porażek.