W 1821 generał José de San Martín zajął Limę i ogłosił niepodległość Peru. W 1824 interweniująca armia hiszpańska została pokonana przez powstańców pod wodzą Antonio José de Sucre.
Hiszpański podbój Peru i powstanie encomiendas
Na czele niewielkiej, złożonej z ok. 200 osób armii podboju Peru dokonał doświadczony hiszpański żołnierz Francisco Pizarro. Osiadłszy wcześniej na terytorium Panamy uczestniczył w wyprawach badawczych mających za zadanie eksplorację zachodnich wybrzeży Ameryki Południowej. Prawdopodobnie w ten sposób dowiedział się o istnieniu państwa inkaskiego i w okresie późniejszym bez problemu odnalazł drogę do jego granic. Zanim jednak podjęto wyprawę Pizarro uzyskał patronat hiszpańskiego władcy Karola V (zachęconego podbojami Corteza w Meksyku) oraz tytuł kapitana generalnego i gubernatora Nowej Kastylii, czyli regionu który miał zostać podbity.
Uzbrojeni w żelazo, broń palną i dosiadający koni Hiszpanie bez większych problemów (często w sposób brawurowy) podbili państwo Inków w latach 1531–1533. Sprzyjał im fakt, że wyprawa przypadła na okres wewnątrz dynastycznych wojen jakie prowadzili między sobą synowie zmarłego w 1526 króla Huayna Capac, Atahualpa i Huascar.