Uwięziwszy i zamordowawszy Atahualpę konkwistadorzy zajęli cały kraj, ze słynną stolicą słońca Cuzco włącznie.
W zamian za rozszerzenie władztwa króla Hiszpanii zdobywcy obdarowani zostali nadziałami ziemi zwanymi encomiendas, a miejscowa ludność została zobowiązana do pracy na ich korzyść (obowiązkiem encomenderos była konwersja tubylców na katolicyzm). Miał to być również sposób na uczynienie z tych awanturniczych postaci lojalnych poddanych korony oraz zapewnienie nowym terytoriom zdolnych do ich obrony żołnierzy.
Różnice pomiędzy europejską, dziedziczną arystokracją a statusem encomenderos były jednak duże. Obdarowani nie mieli prawa własności do ziem, z których czerpali korzyści, a także jurysdykcji prawnej nad swoimi poddanymi. Próby uczynienia z encomiendas dziedzicznych majątków wobec oporu hiszpańskiego dworu okazały się daremne.