Obecnie siedziba peruwiańskiego rządu thumb|Katedra w Limie
Podział administracyjny Wicekrólestwo podzielone było na audiencje, każda zarządzana przez jednego prezydenta.
Lista audiencji Wicekrólestwa Peru (w nawiasie data utworzenia):
Panamá (1538) Lima (1543) Santa Fe de Bogotá (1548) La Plata de los Charcas (1559) Quito (1563) Chile (1563-1573; 1606) Buenos Aires (1661-1672; 1776) Caracas (1786) Cuzco (1787)
Lista wicekrólów 1544–1546 Blasco Núñez Vela 1546–1550 Pedro de la Gasca 1550–1552 Antonio de Mendoza 1552–1555 Melchor Bravo de Saravia 1555–1561 Andrés Hurtado de Mendoza 1561–1564 Diego López de Zúñiga y Velasco 1564–1564 Juan de Saavedra 1564–1569 Lope Garcia de Castro 1569–1581 Francisco de Toledo 1581–1583 Martín Enríquez de Almanza 1584 Cristóbal Ramírez de Cartagena 1584–1589 Fernando Torres y Portugal 1589–1596 García Hurtado de Mendoza 1596–1604 Luis de Velasco 1604–1606 Gaspar de Zúñiga y Acevedo 1607 Núñez de Avendaño 1607–1615 Juan de Mendoza y Luna 1615–1621 Francisco de Borja y Aragón 1621–1622 Juan Jiménez de Montalvo 1622–1629 Diego Fernández de Córdoba 1629–1639 Luis Jerónimo Fernández de Cabrera 1639–1648 Pedro Alvarez de Toledo y Leiva 1648–1655 García Sarmiento de Sotomayor 1655–1661 Luis Enríquez de Guzmán 1661–1666 Diego de Benavides y de la Cueva