W skład audiencji wchodziły rady miejskie zwane gobernaciones, na czele których stał gobernador (np. audiencja Limy miała ich pięć: Huarochiri, Tarma, Huancavelica, El Callao i Cuzco). Każdy gubernator miał do swojej dyspozycji grupę niższych urzędników a spośród nich: corregidores, tenientes de gobernador (asystent gubernatora) i alcaldes mayores (burmistrz). Najniżej w hierarchii znajdowali się gobernador de indios (zarządca Indian) oraz radni: cabildo de españoles (gmin hiszpańskich) i cabildo de indios (gmin indiańskich).
Stolica Francisco Pizarro założył Limę w 1535. Jej ulokowanie na wybrzeżu było nieprzypadkowe i miało zepchnąć w polityczny niebyt starą stolicę państwa inkaskiego Cuzco (położoną w głębi lądu).
Lima zwana „Miastem królów” (La Ciudad de los Reyes) stała się wraz z ustanowieniem wicekrólestwa głównym miastem południowej części hiszpańskiej Ameryki. Wraz z Meksykiem stanowiła główny ośrodek kulturalny, finansowy i duchowy (kościelna metropolia) wicekrólestw. Znajdowały się tu szkoły średnie colegios, a w 1551 powołano do życia Uniwersytet Świętego Marka (otwarty 25 lat później). Statusu miasta podkreślała monumentalna architektura z katedrą i pałacem wicekrólów włącznie. thumb|Pałac wicekrólów w Limie (1535).