Król syryjski miał jeszcze szansę uratować sytuację w centrum i na swoim lewym skrzydle, gdyby nie zapuścił się w pogoń za uciekającymi żołnierzami egipskimi z lewego skrzydła, a zamiast tego uderzył swoją kawalerią w odsłonięty lewy bok ciężkozbrojnej piechoty Ptolemeusza. Gdy król syryjski zawrócił w końcu z pościgu, było już za późno, gdyż pozostała część jego armii była już w chaotycznym odwrocie. W ten sposób Antioch III przegrał bitwę pod Rafią, a co za tym idzie całą IV wojnę syryjską.
O przegranej syryjskiego króla zdecydowały, z jednej strony błąd Antiocha, który wdał się w pościg za nieprzyjacielskim lewym skrzydłem, przez co zaniedbał kontrolę nad pozostałą częścią armii; a z drugiej, przewaga ciężkozbrojnej piechoty Ptolemeusza, która przechyliła szalę zwycięstwa na stronę egipskiego króla.
Według historyka z Megalopolis, Polibiusza, straty Antiocha wyniosły: zabitych: około 10 000 piechurów, 300 jeźdźców i 5 słoni, wziętych do niewoli: 4000 żołnierzy. Po stronie Ptolemeusza zginęło 1500 piechurów, 700 jeźdźców i 16 słoni.
Następstwa bitwy Seleukida po tej klęsce musiał oddać wszystkie zdobyte miasta i twierdze w toku IV wojny syryjskiej, z wyjątkiem Seleucji nad Orontesem, a Ptolemeusze utrzymali swoje panowanie w południowej Syrii, Fenicji i Palestynie jeszcze przez kilkanaście lat.