W czasie, gdy prowadzono prace nad tłumaczeniem, w łonie polskiego Zboru (Kościoła) Reformowanego wystąpił spór, dotyczący nauki o Trójcy Świętej. Zaowocowało to zmianami w zespole tłumaczy i sporami nad tłumaczeniem niektórych fragmentów. Zespół opuścił unitarianin Franciszek Stankar oraz sympatyzujący z nim Grzegorz Orszak. Większość rozwiązań rozstrzygnięto na podstawie innych protestanckich przekładów europejskich, przede wszystkim francuskiej Biblii Olivétana (stąd udział w tłumaczeniu Thenaudusa).
Jeszcze przed powstaniem zespołu tłumaczy Grzegorz Orszak, posiadający dobrą znajomość hebrajskiego i greki, sam przetłumaczył na polski część Starego Testamentu. W 1560 ukończono przekład Pięcioksięgu, a po następnych trzech latach prace zakończono. Cała Biblia ukazała się 4 września 1563 w Brześciu Litewskim, wydana drukiem przez Cypriana Bazylika w drukarni należącej do Mikołaja Radziwiłła Czarnego, w nakładzie około 500 egzemplarzyHelena Szwejkowska, „Książka drukowana XV-XVIII wieku”, wyd. Państwowe Wydawnictwo Naukowe, Wrocław 1975, s. 129.B. Szyndler, „I książki mają swoją historię”, wyd Ludowa Spółdzielnia Wydawnicza, Warszawa 1982, s.