Piłkarz solidnie się przyczynił do tego sukcesu, strzelając 11 bramek. Pomimo zainteresowania czołowych klubów Primera Division Etxebe pozostał nadal wierny barwom drużyny. Athletic Bilbao zapadło w stan stagnacji i zamiast walki o najwyższe cele broniło się najczęściej przed spadkiem. Exteberria swoją lojalnością wyrósł na idola i legendę klubową, a swoimi umiejętnościami i doświadczeniem wspierał drużynę w walce o utrzymanie pozycji.
W 2009 roku zespół Baska dotarł do finału Puchar Hiszpanii, trafiając na Dumę Katalonii. Los nie dał szansy zrewanżowania się drużynie z Baskonii za pamiętny finał w 1985 roku i Etxebe musiał się zadowolić tylko tytułem finalisty.
Napastnik Athletic Bilbao postanowił całe swoje wynagrodzenie za sezon 2009/2010 przekazać na konto fundacji działającej przy baskijskim zespole. Joseba Etxeberria po następnym sezonie kończy swoją długą przygodę z Athletic Bilbao i postanowił takim gestem podziękować kibicom i działaczom za zaufanie, jakim go obdarzyli i za wszystkie spędzone wspólnie lata.