Kariera reprezentacyjna Pierwszym międzynarodowym sukcesem (i jedynym) było zajęcie 4. miejsca na Mistrzostwa Świata U-20 w Katarze. Sam piłkarz zdobył w 6 meczach 7 bramek, co przyczyniło się do zdobycia przez niego tytułu króla strzelców oraz została przylepiona mu łatka nieźle zapowiadającego się gracza (w rzeczywistości ten przydomek ciągnął się przez cała karierę i mimo niebanalnych umiejętności nie był w stanie wesprzeć Hiszpanii).

Na debiut w dorosłej reprezentacji musiał poczekać 2 lata. Etxeberria po raz pierwszy zagrał w seniorskiej reprezentacji w 1997 r., w meczu przeciwko Rumunii, strzelając bramkę na wagę remisu (mecz zakończył się wynikiem 1:1). Wystąpił na Mundialu 1998 (Hiszpanie ukończyli turniej na fazie grupowej), Euro 2000 (dotarli do ćwierćfinału, gdzie doznali porażki 2:1 z późniejszymi – Francją oraz na Euro w Portugalii. Karierę reprezentacyjną zakończył po tym turnieju. W sumie rozegrał 53 mecze i strzelił 12 bramek.

Piłkarz także występuje w niezrzeszonej w FIFA reprezentacji Kraju Basków. Pierwszy mecz rozegrał w 1998 przeciwko Urugwajowi.