W głównym mieście związku, Lubece, działał sejm związku, rozstrzygający wewnętrzne spory i ustalający jego politykę.

Z czasem jednak znaczenie tej organizacji zaczęło maleć. Miasta stały się bardziej zależne od swoich monarchów, pojawiły się rozbieżności między interesami poszczególnych członków, niechęć konsumentów do wysokich cen dyktowanych przez ligę, konkurencja niezależnych kupców holenderskich, które doprowadziły do upadku organizacji. W 1438 roku wybuchła pierwsza wojna między Holendrami a miastami Hanzy, która mimo nierozstrzygnięcia udowodniła, że wpływy Hanzy nie są tak wielkie jak dawniej. Wkrótce wybuchła kolejna wojna, w której Holandię wsparła Anglia, co doprowadziło do wieloletniego konfiskowania sobie towarów przez skonfliktowane strony. Wkrótce od Hanzy zaczynały się odłączać miasta saskie. W 1494 r. kupcy hanzeatyccy zostali wygnani z Nowogrodu. W 1494 roku Gdańsk stanął na czele grupy, obejmującej Braniewo, Chełmno, Elbląg, Królewiec i Toruń oraz przez jakiś czas utrzymywał kantor handlowy w Kownie. W 1535 roku w bitwie pod Helsingborgiem flota Hanzy przegrała z królem Szwecji Gustawem I Wazą, co spowodowało odebranie przywilejów w Szwecji.