Systematyka Rudzik był jednym z wielu gatunków formalnie opisanych przez szwedzkiego przyrodnika Karola Linneusza w jego XVIII-wiecznej pracy – Systema Naturae. W opublikowanej w 1758 roku 10. edycji tego dzieła, uznawanej za początek nomenklatury zoologicznej, gatunek ten został opisany pod binominalną nazwą Motacilla rubecula. Epitet gatunkowy – rubecula wywodzi się od łacińskiego słowa ruber („czerwony”). Nazwa rodzajowa Erithacus została nadana przez francuskiego przyrodnika Georges’a Cuviera w 1800, co zmieniło nazwę binominalną ptaka na używaną do dziś.
Dawniej był klasyfikowany przeważnie w rodzinie drozdowatych, jednak nowsze analizy oparte na badaniach genetycznych i filogenetycznych wskazują na jego przynależność do muchołówkowatych.
Wyróżnia się dziewięć podgatunków E. rubecula: E. rubecula melophilus E. Hartert, 1901 – Wyspy Brytyjskie. E. rubecula rubecula (Linnaeus, 1758) – rudzik, rudzik zwyczajny – kontynentalna Europa do Uralu, zachodnia Turcja, wyspy wschodniego Atlantyku (Azory, Madera, zachodnie Wyspy Kanaryjskie) oraz północno-zachodnie Maroko. E. rubecula superbus A.F. Koenig, 1889 – rudzik teneryfski – Teneryfa (Wyspy Kanaryjskie). E. rubecula marionae Dietzen, Michels & Wink, 2015 – rudzik kanaryjski – Gran Canaria (Wyspy Kanaryjskie). E. rubecula witherbyi E.