Jego studia nad językiem hebrajskim przyczyniły się do rozwoju biblistyki, wywierając wpływ również na późniejszych badaczy żydowskichNorman Davies Boże igrzysko Historia Polski, Wyd. Znak, Kraków 2010, s. 192.. Historyk Norman Davies nazwał go „najwybitniejszym hebraistą XVI wieku”Norman Davies Boże igrzysko Historia Polski, Wyd. Znak, Kraków 2010, s. 191.. Pisma i idee religijne Budnego oddziaływały nie tylko na kierunki Reformacji w Polsce i Wielkim Księstwie Litewskim, ale też były dyskutowane w Europie zachodniej i przyczyniły się do rozwoju unitaryzmu na świecie.
Budny wypowiadał się również w sprawach publicznych. Był jednym z pionierów idei demokracji w polityce i przeciwnikiem kary śmierci.
Poglądy i dzieła Budnego spotykały się z polemiką i sprzeciwem pisarzy katolickich, protestanckich, jak również czasowo braci polskich. W 1603 roku jako autor trafił do pierwszego polskiego indeksu ksiąg zakazanych powstałego z inicjatywy biskupa Bernarda Maciejowskiegohttps://repozytorium.uwb.edu.pl/jspui/bitstream/11320/2532/1/Studia_Podlaskie_12_Guzowski.pdf.