Odrzucał też ideę boskości Jezusa i podkreślał, iż Jezus był tylko doskonałym człowiekiem. Te nowatorskie idee przysporzyły mu wielu wrogów, głównie wśród katolików i prawosławnych, którzy zarzucali mu sympatię dla judaizmu. Także bracia polscy potępiali jego najskrajniejsze poglądy; był 2 razy ekskomunikowany ze zboru (w 1582 i 1584) i z powrotem przyjmowany, po odwołaniu kontrowersji.
Tłumacz Biblii thumb|240px|Karta Nowego Testamentu Szymona Budnego z 1574 (fragment Ewangelii Mateusza z opisem kuszenia Jezusa) Po ukazaniu się pierwszych drukowanych polskich Biblii – katolickiej Biblii Leopolity (1561) i kalwińskiej Biblii brzeskiej (1563) – środowiska protestanckie (kalwińskie i braci polskich) dostrzegały potrzebę wydania jeszcze jednego Pisma Świętego w tańszym i poręczniejszym formacie oraz wolnego od błędów wydań wcześniejszych i bliższego językowi zwykłych ludzi. Około 1567 (synod braci polskich w Skrzynnie) rozpoczęto prace nad poprawionym wydaniem Biblii brzeskiej i przygotowania do jej druku w Nieświeżu w majątku Radziwiłłów, którym zarządzał Maciej Kawęczyński, właściciel tamtejszej drukarni. W 1568 w drukarni nieświeskiej wydano Nowy Testament z Biblii brzeskiej z małymi poprawkami.