Prawdopodobnie wówczas, w 1568 Kawęczyński zaprosił Budnego do prac nad poprawieniem Biblii brzeskiej. Porównanie jej tekstu z wersjami grecką, hebrajską i niemiecką wykazało jednak, że wbrew deklaracjom wydawców przekład brzeski nie jest bezpośrednim tłumaczeniem z języków oryginalnych, ale przekładem z łaciny i francuskiego (przekład Olivétana, kuzyna Kalwina). Szybko okazało się, że dużo praktyczniej będzie dokonać nowego tłumaczenia niż poprawiać błędy wcześniejszych wydań. Po nieudanych próbach pozyskania współpracowników, Budny przyjął cały ciężar dokonania przekładu na siebie.

Budny rozpoczął od przetłumaczenia Nowego Testamentu oraz ksiąg apokryficznych (które uważał za nienatchnione i traktował je jako „wprawkę” w grece). Zostały one wydrukowane w 1570 w Nieświeżu przez Kawęczyńskiego, który nie podzielał wszystkich poglądów Budnego i dokonał w tekście zmian bez uzgodnienia z tłumaczem, między innymi usuwając przypisy.