Na łamach książki autor wprowadził kilka zmian w stosunku do wersji prezentowanej w książkach Lincolna, Baigneta i Leigha.

Brown w szczególności zmienił cel działalności zakonu: nie miała już nim być Europa władana przez potomków Merowingów, ale ujawnienie prawdy o roli Marii Magdaleny jako matki dziecka Jezusa. Wrogiem Zakonu Syjonu miał być zaś nie Zakon Maltański – jak opisywali to Lincoln, Baignet i Leigh na łamach sequela do Świętego Graala, Świętej Krwi – lecz Opus Dei. Autor Kodu Leonarda da Vinci przedstawił wszystkie te informacje jako zgodne z prawdą historyczną, choć w latach 90. XX wieku dowiedziono, że historia Zakonu Syjonu jest zmyśleniem.

Rzekomi wielcy mistrzowie Pierwsza lista Poniższa lista wielkich mistrzów Zakonu Syjonu stanowiła część tzw. (fr. tajne akta Henriego Lobineau), zbioru dokumentów z 1967 r. rzekomo stworzonego przez Philippe’a Toscan du Plantiera (w rzeczywistości autorami zbioru byli Pierre Plantard i Philippe de Chérisey).