Studiowanie przerwał wybuch II wojny światowej.

II wojna światowa Podczas działań wojennych ksiądz Poeplau służył ochotniczo jako kapelan w oddziałach Samodzielnej Grupy Operacyjnej „Polesie” gen. Franciszka Kleeberga. Zamierzał przejść do Rumunii, ale przeszkodziły mu wojska sowieckie. Po kapitulacji SGO „Polesie” dostał się do niewoli niemieckiej. Przebywał w obozie jenieckim w Radomiu, skąd został szybko zwolniony. Powrócił do Warszawy, gdzie około 20-25 października 1939 r. założył organizację konspiracyjną Ruch „Miecz i Pług”, na czele której stanął. Jednocześnie był kapłanem w stołecznej parafii św. Zbawiciela. W kwietniu 1940 r. był współorganizatorem Komitetu Porozumiewawczego Organizacji Niepodległościowych, do którego wprowadził swoją organizację. W ramach KPON reprezentował także konspiracyjne koła Juventus Christiana. Z tego tytułu miał się zajmować pomocą wysiedlonym z Pomorza. 3 lipca 1940 został aresztowany przez Niemców i osadzony na Pawiaku. Wielokrotnie namawiano go do podpisania volkslisty, ale zawsze odmawiał. 14 sierpnia wywieziono go do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz, gdzie 28 sierpnia zmarł.