Druga Republika Hiszpańska Podział pomiędzy autonomistami i niepodległościowcami pojawił się ponownie w czasie Drugiej Republiki Hiszpańskiej. Mała grupa radykalnych zwolenników niepodległości Kraju Basków pod przywództwem Eli Gallastegi, skupionych wokół tygodnika Jagi-Jagi i Górskiej Federacji Biskajskiej, opuściła partię. Odrzucili pracę na rzecz autonomii, jaką wykonywała PNV. Po zamachu stanu z 18 sierpnia 1936 roku, PNV nie mogła zdecydować po której stronie stanąć. Jej członkowie podzielali katolicyzm rebeliantów i poddawani byli presji ze strony Watykanu aby nie popierać Republiki. Jednak obiecana przez lewicę autonomia i antyfaszyzm zbliżały ich do republikanizmu. Część członków PNV zadeklarowała więc poparcie dla Republiki, demokracji i antyfaszyzmu. Jednak na terenach opanowany przez frankistów wystosowało oświadczenia w których odmawiali wsparcia Republiki, część nacjonalistów wyjechała do Francji bądź na terytoria republikańskie. Niektórzy stawili opór rebeliantom, kończąc w więzieniach lub przed plutonami egzekucyjnymi. Część przyłączyła się do karlistowskich batalionów, chcąc uniknąć oskarżeń o wspieranie republikanów. Ostatecznie Komitety Obrony Biskaja i Gipuzkoa zostały zdominowane przez Front Ludowy.