Z pewnymi kłopotami, ale Druga Republika zagwarantowała autonomię Basków, a nowy rząd baskijski powołał do życia Armię Baskijską, złożoną z osób rekrutowanych z wszystkich organizacji Basków, włączając w to PNV. José Antonio Aguirre, lider partii, został pierwszym lendakari (prezydentem baskijskim) wojennego, wielopartyjnego rządu baskijskiego, mającym władzę nad nie podbitymi jeszcze przez siły rebelianckie obszarami Vizcaya i Gipuzkoa. Po poddaniu się Armii Baskijskiej włoskiemu Corpo Truppe Volontari w Santoña w 1937 roku, rząd przeniósł się do Barcelony, gdzie przebywał do czasu opanowania przez rebeliantów całej Katalonii, a potem do Francji. Aguirre przebywał w Belgii, a potem po zajęciu tego kraju przez Niemców, udał się do Szwecji, a potem przez Amerykę Południową trafił do USA. Prowadził działalność na rzecz Basków na całym świecie, stojąc na czele rządu emigracyjnego.
Pod koniec lat 30., Aberri i CNV ponownie się zjednoczyły pod starą nazwą EAJ-PNV. Jednakże mała grupa działaczy utworzyła Acción Nacionalista Vasca (Baskijską Akcję Nacjonalistyczną).