Wczesne reformy Pombala Jako premier e Melo rozpoczął otwartą polemikę z jezuitami, wysuwając wobec zakonu zarzuty mające często niewiele wspólnego z prawdą. Spór był uważnie obserwowany przez ówczesne środowiska intelektualne Europy i wzbudził międzynarodową debatę na temat problemu jezuitów. Wkrótce potem Pombal oskarżył zakon i arystokratyczną rodzinę Távora o spisek przeciwko królowi, co w czasach dominacji ustroju monarchii absolutnej było najwyższym możliwym wykroczeniem. Pod tym pretekstem skłonił Józefa I do zamknięcia placówek jezuickich i wydalenia zakonu z Portugalii, co nastąpiło ostatecznie 17 grudnia 1759 roku. Decyzja ta odbiła się szerokim echem na całym świecie, a kulminacją procesów przez nią zapoczątkowanych było rozwiązanie Towarzystwa Jezusowego przez papieża Klemensa XIV w roku 1773.
thumb|Była misja jezuicka w São Miguel das Missões (Brazylia).
Nie mniej znaczące osiągnięcia przypisywane są Pombalowi w dziedzinie szkolnictwa;