Tam Taguchi wyjaśnia Kencie, że Godzilla atakuje ludzkość, gdyż ci przez swoje niszczycielskie działania rozgniewali go. Tymczasem Minya ożywia się na widok Godzilli i nagle urasta do większych rozmiarów.

Gotengo dociera do Tokio tocząc walkę z xilieńskimi wojskami. Także dociera tam Godzilla, który zabija Hedorę i Ebiraha. Dzięki atakowi kamikaze Kazamy załoga Gotengo jest w stanie wejść na pokład statku-matki Xilienów. Dowódca Xilienów oznajmia, że potrzebne im do życia mitochondria z ludzkich komórek. Nakazuje patrzeć na ostateczną porażkę Godzilli, a zarazem koniec Ziemian. Gorath zbliża się w kierunku Tokio i wyczuwający ją Godzilla kieruje w jej kierunku swój najsilniejszy termonuklearny promień. W wyniku zderzenia Tokio zostaje zrównane z Ziemią, jednak Godzilla wciąż stoi. Z nieba opada lewitujący Monster X. Potwór ten jest zbyt silny dla Godzilli, jednak na pomoc przybywaz wyspy Infant Mothra. Wobec tego jako jej przeciwnika zostaje wysłany naprawiony i zmodyfikowany Gigan. Doktor Otonashi wyjawia, że u zabitych Xilienów wykryto zasadę M. Dowódca Xilienów potwierdza, że zasada M w ich krwi jest powszechna, a ziemscy mutanci są wynikiem krzyżowania Xilienów i Ziemian. Jako że zasada M wpływa na zdolności telepatyczne Ozaki pyta się, czemu nie był pod xilieńską kontrolą.