Otóż przy połączeniu zasady M i ludzkiego DNA raz na milion lat powstaje potężna istota zwana , zaś Ozaki i dowódca Xilienów są Kaiserami.
Ozaki początkowo ulega mocy Kaisera, jednak doktor Otonashi przykłada do niego amulet z wyspy Infant, dzięki czemu wciąż opiera się Xilienom. Ziemianie toczą z Xilienami walkę. Do bitwy dołączają się prawdziwi sekretarz Daigo, komendant Nakimawa i generał major Kunikida. W tym samym czasie Mothra i Gigan giną w wzajemnej walce, a Godzilla jest w stanie zwyciężyć z Monster X-em. Ziemianie uciekają na Gotengo, a Ozaki w końcu pokonuje dowódcę Xilienów. Jednak statek-matka został ustawiony na autodestrukcję. gdy wydaje się, że po zniszczeniu Xilieniów Ziemia jest bezpieczna, Monster X przeistacza się znacznie silniejszą istotę – Keizer Ghidorę, który nie daje najmniejszych szans Godzilli. Gdy wydaje się, że Godzilla poniesie śmierć po wyssaniu całej energii przez Keizer Ghidorę, Ozaki decyduje się mu przekazać swoją całą energię Kaisera. Silniejszy w ten sposób Godzilla zabija Keizer Ghidorę wieńcząc tym wygraną Ziemi. Ale Godzilla chce zniszczyć Gotengo i zabić jej załogę. Nagle pojawia się Minya, który odwodzi go od tych zamiarów. Godzilla odchodzi w stronę morza wraz z Minyą, tym samym wybaczając ludzkości.
Obsada