thumb|Phantom FG.1 startuje z dziobowej katapulty Ponownie „Ark Royal” był wycofany w celu remontu i modernizacji od 5 lipca 1958 do 1 grudnia 1959. W latach 1955–1958 miał na pokładzie wymalowaną literę rozpoznawczą „O”, w latach 1959–1979 „R”. Kolejne wycofanie ze służby na czas remontu miało miejsce do marca do września 1961. W 1962 odbył pierwszy rejs na Daleki Wschód i do Australii. Od lutego do marca 1963 przejściowo zaokrętowano na nim pierwszy operacyjny dywizjon Buccaneerów – 801, z którym odbył podróż na Morze Śródziemne. W lutym tego roku prowadzono też próby samolotu pionowego startu i lądowania Hawker P.1127 – protoplasty Harriera. W listopadzie 1963 „Ark Royal” ćwiczył u wybrzeży Pakistanu z amerykańskim lotniskowcem USS „Essex”. Od stycznia do listopada 1964 „Ark Royal” był ponownie wycofany na czas remontu. W 1966 okręt uczestniczył w blokadzie Rodezji, patrolując wokół portu Beira.