We wrześniu 1940 r. wyznaczony został pełnomocnik niemiecki SS Obergruppenführer Hans Führer nadzorujący pracę zakładu. Lata okupacji były czasem rabunkowej eksploatacji maszyn, ponieważ nie było możliwości dokonywania naprawy ani modernizacji. Załoga sieciowa z trudem walczyła o uchronienie miedzi, którą Niemcy grabili w ramach „akcji miedziowej”. Duże problemy nastręczały nieregularne dostawy węgla o bardzo niskiej jakości. Od 1942 r. nakazano wyłączenia odbiorców, zwłaszcza prywatnych. Jednak personel wielkim nakładem pracy podłączał możliwie dużą liczbę prywatnych odbiorców, przynajmniej na noc.
Zimą 1942/1943 zapasy węgla spadły do minimum, co zmusiło do masowego wyłączenia odbiorców nawet takich jak Zakłady Mechaniczne Ursus. Sytuacja poprawiła się w 1944 r. i załodze udało się zgromadzić zapasy węgla, które później pozwoliły na pierwsze 8 miesięcy pracy elektrowni po wyzwoleniu.