Wśród pracowników zakładu zawiązała się grupa konspiracyjna Armii Krajowej. Związana ona była z VI Rejonem Helenów VII Obwodu Armii Krajowej „Obroża” z komendantem mjr. Edmundem Krzywdą–Rzewuskim ps. Paweł. Wielu dowódców Obroży posiadło „żelazne papiery” wystawione przez elektrownię, mimo że nie byli w niej faktycznie zatrudnieni. W 1941 r. na terenie elektrowni powstał z inicjatywy inż. Z. Wierzbowskiego (ps. „Konary”) oddział liczący 45 ludzi noszący kryptonim „Nenufar” pod dowództwem inż. por. Stefana Kwiatkowskiego ps. Zabłocki. Bezpośrednim zwierzchnikiem plutonu pruszkowskiego był kpt. Stanisław Skibniewski ps. Cubryna, dyrektor Elektrowni Warszawskiej. W latach 1942–1944 pluton szkolił się i gromadził broń. Latem 1944 r. pluton „Nenufar” otrzymał zadanie w ramach akcji „Burza”, którego celem było zdobycie przez grupy szturmowe ważnych obiektów takich jak radiostacje, elektrownie, poczty itp.