Kocioł nr 2 wyposażony jest w instalację półsuchego odsiarczania spalin (IOS), która wykorzystując reagent w postaci wapna hydratyzowanego redukuje emisję SO2. Dodatkową korzyścią płynącą z pracy IOS jest wstępna redukcja zapylenia spalin. Dzięki pracy instalacji możliwe jest osiągnięcie stężenia tlenków siarki w spalinach na wylocie z kotła nr 2 na poziomie poniżej 100 mg/m3u.
Pozostałe kotły węglowe podłączone są do instalacji MIOS (Instalacja Mokrego Odsiarczania Spalin). Jako reagent w tej instalacji wykorzystywana jest mączka kamienia wapiennego, która reagując z zawartymi w spalinach tlenkami siarki wiąże je do postaci uwodnionego gipsu. Gips jest produktem ubocznym pracy instalacji MIOS i jest wykorzystywany w przemyśle budowlanym. Dzięki pracy instalacji stężenia tlenków siarki w spalinach opuszczających komin E5 utrzymywane są na poziomie poniżej 200 mg/m3u. alt=|mały|Instalacja MIOS|243x243px Pył
Wszystkie kotły węglowe oraz kocioł nr 1 (biomasowy) wyposażone zostały w filtry, których zadaniem jest wychwytywanie cząstek pyłu ze spalin. Większość wyposażona została w elektrofiltry.