Dwa kotły posiadają filtry workowe. Proces usuwania pyłu ze spalin w filtrze workowym polega na zatrzymywaniu go na specjalnej konstrukcji obleczonej tkaniną. Tkanina ta jest cyklicznie otrzepywana sprężonym powietrzem a zatrzymany pył transportowany poprzez pneumatyczny układ odprowadzania popiołu do odpowiednich zbiorników.
Sprawność odpylania filtrów pyłu zainstalowanych w EC Siekierki wynosi 99,9%.
Kocioł opalany biomasą
Kocioł nr 1 pracujący w części kolektorowej EC Siekierki jest opalany paliwem biomasowym. Energia wyprodukowana przez ten kocioł jest energią pochodzącą ze źródła odnawialnego (zieloną energią). Kocioł pracuje w technologii BFB (fluidalnego złoża bąbelkowego). Pozwala to ograniczyć temperaturę spalania, a co za tym idzie w sposób pierwotny redukuje stężenia tlenków azotu w spalinach opuszczających kocioł.
Zakład separacji popiołów
Na terenie EC Siekierki od roku 2017 funkcjonuje Zakład Separacji Popiołów Siekierki. Jest to instalacja powstała na skutek współpracy PGNiG TERMIKA SA i spółki Lafarge CEMENT S.A.