1939–1945 W 1939 r. ostatni fragment gmachu Dworca Wiedeńskiego został uszkodzony, a jego mury rozebrane w czasie okupacji. Plany Niemców likwidacji trakcji elektrycznej nie zostały zrealizowane dzięki argumentacji inżynierów kolejowych, którzy wskazywali na problemy z zadymieniem. Zaimprowizowano wtedy zastępcze lokomotywy z dwóch wagonów zespołów trakcyjnych obciążonych betonem oraz sprowadzono z Włoch lokomotywy na napięcie 3 kV.
Linia średnicowa w czasie powstania warszawskiego była linią frontu. Po zdobyciu przez powstańców 3 sierpnia Dworca Pocztowego i rozbiciu niemieckiego pociągu ewakuacyjnego stojącego w wykopie między Dworcem Głównym a wiaduktem nad torami w ciągu ul. Żelaznej, żołnierze z oddziału Wacława Kucharskiego ps. Janosik rozkręcili szyny, a patrol saperski Stanisława Bzdaka ps. Miner wysadził tory. Komunikacja na linii średnicowej została przerwana.
Po powstaniu linia została celowo zniszczona przez Niemców: wysadzono most, tunel, Dworzec Główny i wszystkie wiadukty i nasypy na Powiślu. Dworzec Zachodni był wykorzystywany do załadunku – do pociągów elektrycznych – warszawian wywożonych z opróżnianego miasta do obozu przejściowego utworzonego na terenie Zakładów Naprawczych Taboru Kolejowego w Pruszkowie.