Producenci zaczęli inwestować w mniejszą ilość odcinków na rzecz poprawienia ich jakości, prowadząc do stworzenia formatu 13- i 26-odcinkowego, który stanowi od tego czasu standard w przemyśle animowanym w Japonii. Wykorzystanie symbolizmu w serii zamiast typowego dla wcześniejszych produkcji bezpośredniego przedstawiania elementów fabuły zachęciło do przedstawiania coraz bardziej abstrakcyjnych elementów w późniejszych produkcjach, takich jak Wirtualna Lain czy Rewolucjonistka Utena. Neon Genesis Evangelion wpłynął także na rozpowszechnienie się archetypów postaci, które starano się imitować w późniejszych produkcjach. Typ tsundere reprezentowany w serii przez Asukę Langley znalazł później odwzorowanie w takich seriach jak Naruto (Sakura), Ognistooka Shana (Shana) czy Zero no Tsukaima (Louise). Typ kūdere, reprezentowany w serii przez Rei Ayanami, zainspirował później twórców takich anime jak Eureka Seven (Eureka).