Inną serią z 1995 roku, która odbiła się szerokim echem w branży anime i stanowiła później inspirację dla wielu twórców filmowych był cyberpunkowy thriller Ghost in the Shell Mamoru Oshii. Inspirację z tej produkcji czerpali później tacy twórcy jak rodzeństwo Wachowskich przy tworzeniu Matrixa, James Cameron przy tworzeniu Avatara czy Steven Spielberg przy A.I. Sztuczna inteligencja, a także wpłynąła ona na takie gry jak Metal Gear Solid, Deus Ex czy Cyberpunk 2077.
W 1997 roku premierę miał film zatytułowany Księżniczka Mononoke, za którego reżyserię odpowiadał Hayao Miyazaki. Jego produkcja kosztowała 23,5 miliona dolarów stając się najdroższą produkcją filmu anime, i uplasowując się w czołówce najdłuższych filmów animowanych zawierając 144 tysiące klatek i trwając 136 minut. Film ten ustanowił także rekord w japońskim box office, zarabiając 20,18 miliarda jenów i nawet po 25 latach od premiery nadal zajmuje miejsce w pierwszej dziesiątce najlepiej zarabiających filmów w Japonii wszech czasów.
Lata 2000–2019 Według Nippon dōga kyōkai łączne zyski ze sprzedaży zagranicznej firm zajmujących się animacją i materiałami licencjonowanymi z nią związanymi, takich jak np. zabawki wzrosło z 2,3 miliarda w 2012 roku do 10 miliardów w 2018 roku i stanowiło prawie połowę całkowitego dochodu tej gałęzi przemysłu.
Od 2020