21 marca 1929 r. na synodzie lokalnym w Zamościu Władysław Faron został wybrany na biskupa Polskiego Narodowego Kościoła Katolickiego dla Polski. Elekcja ta odbyła się jednak bez udziału delegata biskupa naczelnego PNKK. W związku z podejrzeniem braku legalności uchwał synodu zamojskiego sprawę musiało rozpatrzyć kolejne zgromadzenie. 24 kwietnia 1929 r. Synod Nadzwyczajny w Krakowie ponownie przeprowadził wybór biskupów dla Polski. Władysław Faron otrzymał wówczas nominację na biskupa diecezji wschodniej, zwanej lubelsko-małopolską. Ponadto zgromadzenie to mianowało go pierwszym przewodniczącym Prezydium Rady Kościoła. Z uwagi na problemy wewnętrzne Kościoła, związane przede wszystkim z rywalizacją o wpływy biskupów elektów Stanisława Zawadzkiego i Władysława Farona, w dniach 17-18 grudnia 1929 odbyła się kolejna elekcja w Krakowie. Władysław Faron otrzymał tym razem nominację na jedynego biskupa PNKK dla Polski.