W przeciwieństwie do starej konstrukcji niektóre ryby są w stanie przez nią migrować, a komputerowy system skanuje, monitoruje i rejestruje wszystkie przepływające ryby, zbierając dane na temat ich ilości oraz gatunku. Liczba ryb, które pokonują zaporę we Włocławku podczas migracji w górę rzeki jest jednak bardzo mała – np. w 2019 roku było to zaledwie 8190 cert, 24 łososie, 207 troci i 157 węgorzy. Dla porównania, przed budową zapory w latach 1953-1968, rocznie na odcinku Wisły znajdującym się aktualnie powyżej zapory poławiano kilkanaście-kilkadziesiąt ton łososi i cert, a na odcinku poniżej zapory certa poławiana była w setkach ton rocznie. alt=Rzeki odcięte przez zaporę we Włocławku|mały|Rzeki odcięte od możliwości migracji ryb i minogów dwuśrodowiskowych przez zaporę we Włocławku. Zapora we Włocławku jest najbardziej szkodliwą budowlą hydrotechniczną w Polsce. Odcina dla migrujących ryb łącznie 57 tys. km rzek, co stanowi 40% długości wszystkich rzek Polski. Ponadto zapora zaburza transport osadów w Wiśle, co skutkuje erozją wgłębną koryta poniżej zapory o nawet 10 metrów i obniżeniem poziomu wód gruntowych w dolinie dolnej Wisły.