Leonardowi nie spodobały się aluzje seksualne takie jak: „Gdy wymawiasz moje imię, To brzmi jak mała modlitwa, Klęczę na kolanach, Chcę cię tam zabrać”; producent uznał, że brzmi to jak chęć wykonania fellatio, dlatego poprosił Madonnę o zmianę słów, jednak ta nie zgodziła się.
Nagranie thumb|left|Prince, który zagrał gitarowe intro „Like a Prayer” Madonna i Leonard uznali, że piosenka nie wymaga długich prac i zostanie nagrana szybko. Duet postanowił zaprosić do nagrania chór z Church of God w Los Angeles, którego liderem był muzyk i pastor Andraé Crouch. Podczas spotkania Madonny i Leonarda z nim i jego menedżerem Roberto Noriegą zadecydowano o zatrudnieniu chóru, jednak wcześniej Crouch chciał wiedzieć, nad czym będą pracować. Powiedział: „Staramy się uważać, by wybierać odpowiednie projekty. Ten nam się spodobał”. Jadąc samochodem wysłuchał wersję demo „Like a Prayer”, podjął się interpretacji tekstu i stworzył koncepcję dla chóru, który spotkał się w studiu Jonny Yuma w Burbank w Kalifornii. Powstałe tam nagranie Leonard chciał wcielić do piosenki w postprodukcji. Kolejnym etapem pracy nad utworem były zmiany akordów. Madonna i Leonard pokłócili się o „mostek” piosenki, co skończyło się opuszczeniem studia przez piosenkarkę.