Powstały DNA określany jest jako cDNA – komplementarny DNA. real time PCR (qPCR) – do środowiska reakcji wprowadzane są znakowane (na przykład barwnikami fluorescencyjnymi) nukleotydy lub sondy łączące się z DNA, które pozwalają na podstawie odczytów w kolejnych cyklach określić ilość matrycy użytej do reakcji, jak również śledzić ilość powstającego produktu. PCR emulsyjny (droplet digital PCR, ddPCR) służy do ilościowej oceny produktu reakcji. Bazuje na znakowanych fluorescencyjnie nukleotydach (jak w real time PCR), oferuje jednak odmienny sposób absolutnej kwantyfikacji. Metoda ddPCR opiera się na technice emulsji wodno-olejowej, dzięki czemu pojedyncza reakcja jest frakcjonowana na bardzo wiele kropli (maksymalnie 20 000). W niektórych kroplach dochodzi do amplifikacji jak w konwencjonalnej metodzie PCR. Następnie system sczytuje cząsteczki, w których zaszła reakcja (pozytywne) i wszystkie pozostałe (negatywne), w oparciu o które generuje się bezwzględna liczba cząsteczek docelowych w próbce, bez konieczności odniesienia do krzywych standardowych czy genu referencyjnego jak w qPCR. nested PCR – stosowany, gdy dysponuje się niewielką ilością matryc DNA.