Jego istotą jest synteza kilku długich fragmentów zawierających przedmiotowy fragment na początku reakcji (dzięki czemu powiela się materiał badawczy); dopiero w następnym kroku dodaje się startery okalające ten odcinek. RACE PCR (rapid amplification of cDNA ends PCR) – szybka amplifikacja końców cDNA PCR-RFLP (polymerase chain reaction – restriction fragment length polymorphism) – metoda wykorzystująca enzymy restrykcyjne w celu identyfikacji mutacji w obrębie miejsc cięcia danego enzymu. Pozwala też na wykrycie mutacji prowadzących do powstania nowych miejsc cięcia. RG-PCR ACRS-PCR ARMS-PCR ASA-PCR PCR-ASO (allele-specific oligonucleotide) – metoda wykorzystująca hybrydyzację ze specyficznymi sondami oligonukleotydowymi, wykrywającymi mutacje znajdujące się poza miejscami restrykcyjnymi. Pozwala na rozpoznanie allelu dzikiego (prawidłowego) lub zmutowanego. PCR-HD PCR-SSCP – w technice tej obie nici poddaje się denaturacji, oraz pozwala im przyjąć właściwe dla sekwencji struktury przestrzenne. Zmiany obserwuje się na żelu.