Metoda polega na zastosowaniu w reakcji starterów komplementarnych do tych sekwencji genomowych. Produkty reakcji rozdzielane są na drodze elektroforezy w żelu agarozowym i tworzą swoisty wzór prążków, charakterystyczny dla danego szczepu bakterii. Metoda ma wysoką powtarzalność; ze względu na niski koszt i krótki czas (w porównaniu z, na przykład, reakcją Rea-PFGE) może być stosowana do badania stopnia pokrewieństwa dużej liczby szczepów. Najczęściej stosowane są startery komplementarne do rodziny sekwencji BOX i ERICJ. Veraslovic, T. Koeuth, R.J. Lupski: Distribution of repetitive DNA sequences in eubacteria and application to fingerprinting of bacterial genomes. „Nucleic Acids Res.”, 1991, 19 (24), s. 6823–6831.. QF-PCR (quantitive fluorescence PCR) – metoda opierająca się na wykorzystaniu, jako markerów, sekwencji krótkich powtórzeń tandemowych (STR). Startery do amplifikacji poszczególnych STR są znakowane fluorescencyjnie. QF-PCR znalazła zastosowanie w diagnostyce prenatalnej do oceny ilości kopii chromosomów 13, 18, 21, X i Y.